Bên cạnh việc thực hiện khung chương trình môn học, thầy cô và học sinh trường THPT Nam Kỳ Khởi Nghĩa đã tổ chức nhiều hoạt động giáo dục nhằm phát triển toàn diện học sinh: Hội trại đón học sinh khối 10, Hội thi “Rung chuông vàng tìm hiểu an toàn giao thông”, Hội thao vô định thể thao học sinh, tập huấn kỹ năng sử dụng Internet an toàn, tập huấn công tác phòng chống ma túy, sinh hoạt chuyên đề “An toàn giao thông – Trách nhiệm của mọi người”, Hội nghị chuyên đề “Kỹ năng phòng chống tệ nạn xã hội”, thăm và tặng quà trẻ em Trường Chuyên biệt 15/5 Quận 11, Đêm hội Trăng rằm cho các cháu thiếu nhi, Đại hội Đại biểu Cha Mẹ học sinh.